Elle peut être causée par plusieurs espèces de champignons, présents dans le sol (Rhyzoctonia spp., Pythium spp., Achlya spp.) ou sur les semences (Alternaria spp., Fusarium spp., ..).
Fréquence élevée
Les fortes densités de semis pratiquées en Camargue permettent  généralement d’en limiter les conséquences.
Lutte
Rotations culturales (champignons du sol), utilisation de semences saines (champignons des semences) / Favoriser une levée rapide des riz (utilisation de variétés à bonne vigueur, pré-trempage des semences) / Sur semences, développement de mycélium parfois visible, nécroses / Assèchement de la parcelle pendant quelques jours lorsque cela est possible.

Cricotopus trifasciatus, Cricotopus sylvestris, Chironomus thummi
Les dégâts sont essentiellement dus à l’activité des larves de Cricotopus. Sur les graines en début de germination, les larves (de couleur blanche-translucide, mesurant 5 à 7 mm de long) détruisent les germes et s’enfouissent dans les graines qui sont entièrement vidées. Sur plantules, les larves s’attaquent aux jeunes racines et tiges, ce qui a pour impact de ralentir le développement de la plantule ainsi que de fragiliser son ancrage au sol. L’espèce Chironomus (vers rouges mesurant 10 à 15 mm de long) ne provoque pas de dommages directs mais, par son action fouisseuse, peut faire remonter les racines des jeunes plantes, qui sont alors plus sensibles à l’arrachage en cas de mouvements d’eau, et plus exposées aux attaques des larves de Cricotopus.
Fréquence élevée
Les fortes densités de semis pratiquées en Camargue permettent généralement d’en limiter les conséquences.
Lutte 
Favoriser une levée rapide des riz (utilisation de variétés à bonne vigueur, pré-trempage des semences) ou opter pour un semis enfoui à sec. / Grains vidés, coléoptiles ou jeunes racines sectionnés / Présence de plantules arrachées sur les bordures de parcelles après des épisodes ventés / Présence de larves dans la couche superficielle du sol (remontant à la surface de l’eau lorsque l’on remue très légèrement les premiers millimètres du sol). / En présence de larves à la surface du sol, assécher la parcelle le plus rapidement possible et la maintenir sans eau durant quelques jours.

Phoenicopterus roseus
Tant que les plantules de riz n’ont pas émergé à la surface de l’eau, les rizières représentent un milieu attractif pour les flamants roses, qui y trouvent une nourriture abondante ; se déplaçant par groupes pouvant atteindre 200 individus, les dégâts qu’ils provoquent sont principalement dus à leur activité fouisseuse ainsi qu’au piétinement.
Fréquence limitée (problématique accentuée lors de printemps secs du fait de l’absence d’eau dans les milieux naturels adjacents aux zones de nidification des flamants). / Les dommages sont ponctuels, mais peuvent être localement importants. / Mise en œuvre de systèmes d’effarouchement (canons sonores, gyrophares, pistolets à fusées) utile mais devant être complétée par une présence humaine aux heures d’arrivée des oiseaux (tombée de la nuit).
Traces de passages visibles dans les rizières (plumes, turbidité de l’eau liée à la mise en suspension de particules de sol). / Pas de méthode de lutte (le flamant est une espèce protégée)

Lissorhoptrus oryzophylus
L’adulte de ce coléoptère, dont la première identification en Camargue date de 2014, passe l’hiver en diapause dans des plantes hôtes situées à la périphérie des rizières. Au printemps, dès les mises en eau réalisées, les adultes migrent vers les parcelles et, lorsque les plantules de riz émergent au dessus de la lame d’eau, se nourrissent sur les feuilles, y laissant des stries longitudinales très caractéristiques.
Les dégâts des adultes sont principalement localisés sur la zone périphérique des parcelles (10 à 15 mètres) mais peuvent, en cas de fortes infestations, s’observer jusqu’à des distances nettement plus éloignées des bordures. L’impact de ces dégâts sur feuilles reste néanmoins limité.
Fréquence élevée
Les dommages sont très hétérogènes en fonction du stade du riz. Les attaques peuvent provoquer des retards de végétation, voire une disparition de plantes.
Lutte
Favoriser une levée rapide des riz (utilisation de variétés à bonne vigueur, pré-trempage des semences) / opter pour un semis enfoui à sec ou repiquage / Forte densité de semis (minimum 250 kg/ha) / Traitement de semences avec un insecticide

Bipolaris oryzae
La présence de cette maladie en Camargue est généralement limitée à des attaques sur feuillage, aux conséquences limitées pour la culture (taches circulaires ou légèrement ovoïdes, de couleur marron foncé au centre, marron-rougeâtre à leur périphérie).
Fréquence limitée
Les dommages sont mineurs. Une fertilisation équilibrée permet de limiter la présence de la maladie.
Pas de lutte nécessaire

Cette maladie virale, transmise principalement par le puceron Rhopalosiphum padi, se manifeste par un jaunissement du feuillage ; les premiers symptômes sont visibles sur quelques plantes, puis ils couvrent de petites surfaces par taches jaunes réparties dans la parcelle.
Fréquence rare
Infestations bénignes
Lutte
Pas de lutte possible

Magnaporthe oryzae (ou Pyricularia oryzae sous sa forme asexuée)
Un facteur clé du développement de la maladie est la durée d’humectation du feuillage. Les conditions climatiques (étés humides et nuageux, vent réduit…) et microclimatiques (zones plus ombragées et moins exposées au vent) entrainant une humectation prolongée, favorisent le démarrage et l’extension des épidémies. Le champignon peut effectuer jusqu’à 10 cycles de multiplication végétative au cours du cycle cultural. Si les attaques précoces, sur feuilles, ont des conséquences limitées, ce n’est pas le cas des attaques paniculaires, et en particulier du nœud paniculaire (pyriculariose du cou) pouvant conduire à un échaudage total. La principale conséquence est la verse de la culture, rendant difficile la récolte.
Fréquence limitée hétérogène en fonction des conditions de l’année. Les dommages sont globalement faibles, mais peuvent être localement très importants.
Lutte
Choix variétal (variétés peu sensibles).
Densité de semis (plus la population de plantes est importante, plus les risques de développement de la maladie sont importants).
Limitation des sources d’inoculum (utilisation de semences saines, destruction des riz adventices).
Une fertilisation azotée raisonnée, prenant en compte l’historique de la parcelle (apports de matières organiques, précédent luzerne…), permet de limiter les risques de développement de la maladie.
Lutte chimique possible.